9·11事件发生后，美国发动“反恐战争”，以日美为基地的自卫队开展活动。同盟范围扩大到印度洋、中东等地区。
政府在反恐战争期间，为给美国、英国、法国军舰加油，向印度洋派遣了海上自卫队舰艇，并制定了可以向海外派遣自卫队的永久性法律。
2001年9月11日的恐怖袭击也震惊了驻日美军。袭击发生后，一艘美国航空母舰迅速离开神奈川县横须贺美军基地，一艘海上自卫队驱逐舰罕见地护送这艘航母。
日本海上自卫队一位熟悉情况的高级官员当时表示:“横须贺离羽田的东京国际机场很近。美国航空母舰为了避免成为飞机自杀式袭击的目标，离开了基地。”这位官员指出，如果平顶留在那里，就会被卡在底部。
在恐怖袭击发生后不久，美国敦促其盟国支持反恐战争，并寻求日本参与阿富汗的“持久自由行动”。
日本首相小泉纯一郎的政府决定协助行动，阻止国际恐怖组织基地组织的武器和毒品海上运输。
2001年10月，国会制定了反恐特别法。根据该法律，海上自卫队的一艘驱逐舰和一艘补给船于下月被派往印度洋。这些船只覆盖了广阔的海域，包括波斯湾。
“Japan-U.S。联盟强盛了自卫队的业务领域扩大,与日本发挥其作用作为国际社会的一员,”将军Koji山崎,参谋长在国防部的联合参谋部,周四在新闻发布会上说,也指的是派遣自卫队前往伊拉克帮助其战后重建。
在周五的新闻发布会上，防卫大臣岸信雄表示，“防卫省和自卫队将在他们迄今为止的活动基础上，充分利用我国的实力，为国际社会做出进一步的贡献。”
有人担心，自卫队当时为美军行动提供的后勤支持可能会违反宪法和平主义第九条，该条款禁止日本与外国使用武力相结合。
当时，有人怀疑从海上自卫队提供给美国军舰的燃料被用于伊拉克战争。
2008年，名古屋高等法院(Nagoya High Court)裁定，日本航空自卫队在伊拉克执行任务期间从多国部队运送武装部队的行为违宪，认定该行为与外国使用武力的行为相结合。
2015年，日本首相安倍晋三的政府制定了国家安全法，其中包括一项关于为国际和平做出贡献的永久法律，允许自卫队为海外多国部队提供后勤支持。
该法律明确规定，如果自卫队在得到联合国相关决议或驻扎国同意的情况下，可以向海外派遣自卫队，为外国军队提供后勤支援。
